La acuicultura como una actividad que utiliza los ambientes acuáticos, involucra dentro de los saberes y conocimientos requeridos a tener en cuenta para un adecuado desarrollo, el estudio de la biología e interrelación de los microorganismos presentes en los organismos de cultivo y el medio acuático mismo, quienes fundamentan la dinámica de estos ecosistemas de cultivo y su relación con el ambiente externo.

• La microbiología
• Bacterias  (Dominio archae)
• Hongos y  Levaduras
• Virus
• Microorganismos en ambientes acuáticos (marinos y dulce acuícolas)
• Microorganismos probióticos y prebióticos