Los marcadores fitoquímicos moleculares son moléculas o compuestos específicos que se encuentran en las plantas (fitoquímicos) y que se utilizan para identificar y caracterizar especies o variedades vegetales. Estos marcadores suelen estar asociados a características biológicas o químicas específicas de las plantas y pueden utilizarse en diversos campos científicos, como la botánica, la farmacología y el fitomejoramiento. Proporcionan información valiosa sobre la diversidad genética, las relaciones filogenéticas y las propiedades terapéuticas potenciales de las plantas. Algunos tipos comunes de marcadores moleculares fitoquímicos incluyen:

1.       Marcadores basados en el ADN: Estos marcadores se basan en variaciones en las secuencias de ADN de las plantas. Se utilizan ampliamente para estudiar la diversidad genética y las relaciones entre poblaciones de plantas. Ejemplos de marcadores basados en el ADN son:

 ·         ADN polimórfico amplificado al azar (RAPD): Los marcadores RAPD utilizan secuencias cortas de ADN aleatorias como cebadores para amplificar fragmentos de ADN de diferentes muestras de plantas. Las variaciones en los patrones de bandas de los fragmentos amplificados pueden utilizarse para el análisis genético.

Secuencias simples repetidas (SSR) o microsatélites: Los marcadores SSR se dirigen a secuencias cortas repetidas de ADN y son altamente polimórficos. Se utilizan para la cartografía genética, la identificación de variedades y los estudios genéticos de poblaciones.

·         Polimorfismos de nucleótido único (SNP): Los SNP son variaciones de un solo par de bases en las secuencias de ADN. Son abundantes y están ampliamente distribuidos en los genomas, lo que los convierte en marcadores valiosos para el genotipado de alto rendimiento y la cartografía genética.

·         Polimorfismo de longitud de fragmento amplificado (AFLP): El AFLP combina la amplificación por PCR con la digestión por enzimas de restricción para producir fragmentos de ADN que pueden separarse y analizarse según su tamaño.

2. Metabolitos secundarios: Los fitoquímicos, como alcaloides, flavonoides, terpenoides y polifenoles, se asocian a menudo con diversas actividades biológicas y propiedades medicinales de las plantas. Su presencia, ausencia o perfiles específicos pueden utilizarse como marcadores para la identificación de especies, la quimiotaxonomía y el control de calidad en productos a base de plantas.

3. Marcadores basados en proteínas: Las proteínas, incluidas las enzimas y las proteínas estructurales, también pueden utilizarse como marcadores moleculares. El análisis isoenzimático, que consiste en estudiar las variaciones en los patrones electroforéticos de las enzimas, es una técnica clásica de marcadores basados en proteínas.

4. Huellas químicas: Las técnicas de espectrometría de masas y cromatografía pueden utilizarse para crear perfiles químicos o huellas dactilares de las plantas basadas en su composición de metabolitos. Estos perfiles pueden utilizarse para el control de calidad y la autentificación de productos a base de plantas.

5. Perfiles de expresión génica: Las técnicas transcriptómicas pueden utilizarse para analizar los niveles de expresión de genes o vías específicos en respuesta a condiciones ambientales o factores de estrés. Estos perfiles pueden proporcionar información sobre las características bioquímicas y fisiológicas de las plantas.