1. Los cultivos autógamos como arroz y frijol toleran mejor la endogamia
Las especies autógamas se reproducen principalmente por autofecundación, lo que incrementa gradualmente la homocigosidad y reduce la heterocigosidad. A diferencia de las especies alógamas, estas plantas han evolucionado bajo condiciones de autofecundación durante muchas generaciones, por lo que han eliminado gran parte de los alelos recesivos perjudiciales mediante selección natural. Como resultado, la depresión endogámica es generalmente baja y la autofecundación no provoca reducciones drásticas en vigor o rendimiento. (Jain, 1976; Lande & Schemske, 1985).
2. La selección de líneas puras produce variedades genéticamente estables
La endogamia permite obtener individuos altamente homocigotos conocidos como líneas puras. Estas líneas presentan una gran uniformidad genética y transmiten sus características de manera constante de una generación a otra. En mejoramiento vegetal, este proceso facilita la selección de genotipos con características deseables como mayor rendimiento, resistencia a enfermedades y adaptación ambiental. Por ello, muchas variedades de arroz, frijol y trigo son el resultado de la selección de líneas puras. (Allard, 1999; Singh, 2015).
3. La uniformidad es una ventaja para la producción y comercialización
Las variedades derivadas de líneas puras muestran uniformidad en altura, madurez, color, tamaño y calidad del producto cosechado. Esta homogeneidad facilita las labores agrícolas, la cosecha mecanizada, el almacenamiento y la comercialización. Además, permite obtener productos con estándares de calidad más consistentes, aspecto muy valorado por productores y consumidores. Simmonds & Smartt, 1999).
4. La depresión endogámica es menor que en especies alógamas
En especies alógamas, donde predomina la fecundación cruzada, existe una elevada heterocigosidad. Al practicar endogamia en estas especies, se expresan alelos recesivos desfavorables y aparece una fuerte depresión endogámica. En contraste, las especies autógamas ya poseen altos niveles de homocigosidad, por lo que el efecto negativo de la endogamia es mucho menor. Esto convierte a la endogamia en una herramienta útil dentro de los programas de mejoramiento genético. (Charlesworth & Willis, 2009; Falconer & Mackay, 1996).